本財団の歴史は、1903年〔明治36年〕当時青壮年者の性の健康を著しく障害していた性病〔花柳病〕の流行を抑えることを旗印として、日本花柳病予防協会が設立され、芳川顕正伯爵〔前内務大臣〕が会長に就任したことに始まります。そして、1921年〔大正10年〕には、"財団法人 性病予防協会"となり、総裁後藤新平伯爵，会頭土肥慶蔵東大教授のもと、さらに組織的に性の健康のため、とくに性病予防を中心に活発な啓発活動を行うようになり、以来約一世紀にわたって当財団は社会貢献事業を継続して参りました。